En esa época comenzó a sobresalir una joven promesa de la cantera llamada Julen Guerrero, camiseta uruguay mundial que se convirtió en un ícono del club y un ídolo para la afición. Sí consiguió buenos resultados en la Copa, donde tras eliminar al F. C. Barcelona en cuartos de final -con un ajustado remate de cabeza de Iñaki Williams en el último minuto- y al Granada C. F. en semifinales -gracias a un gol decisivo de Yuri-, accedió a su 38.ª final del torneo contra su eterno rival, la Real Sociedad.