José Manuel de la Torre se mantuvo en el cargo por dos torneos más, hasta la jornada 9 del Apertura 2007, siendo reemplazado por Efraín Flores. En 2002, el empresario Jorge Vergara compra la mayoría de las acciones del Club Deportivo Guadalajara, el cual con el tiempo deja de ser una Asociación Civil, cuya gestión estaba a cargo de una mesa directiva liderada por Francisco Cárdenas Moreno.