También se vuelven a adoptar temporalmente los colores verde y blanco, por existir otros equipos con casaca rojiblanca en la misma divisional. Ganaron los dos campeonatos Evita que disputaron (1973 y 1974) y también los torneos de 9.ª y 8.ª división de AFA. Dos años después se consigue finalmente la preciada plaza en la Asociación. Para el «Club Deportivo Guadalajara», el primer torneo en el profesionalismo fue la Copa México organizada en 1943. El equipo, entonces dirigido por Fausto Prieto, debutó enfrentando al Atlas el día domingo 6 de junio de 1943. El resultado fue una derrota por marcador de 3 goles a 1, el único gol del Guadalajara fue anotado al minuto 30 por Manuel López.