Una mala gestión del club les llevó a ser casi relegados de la Football League Championship a la Football Conference, lo que evitaron en 1997 y 1998. En 2001 alcanzaron el Campeonato de la división. Faltando diez fechas para el final del torneo, Colón estaba tercero, detrás de Quilmes y All Boys, y en la misma línea de Los Andes.