Participa desde 2015 en la segunda categoría de la Liga Nacional de Fútbol Profesional, la Segunda División de España, siendo la trigésimo octava vez que la disputa. El FC San Pauli es un club polideportivo que, además de equipos de fútbol en categoría masculina, femenina e infantil, cuenta con equipos en otras 18 disciplinas deportivas más: ajedrez, arbitraje, balonmano, bolos, bolos alemanes (kegeln), boxeo, dardos, deportes extremos, fútbol sala, fútbol para ciegos, futbolín, maratón, roller derby, rugby, tenis de mesa, torball y triatlón.